泉州人习惯把天后宫叫“天妃宫”(方言谐音“天雷宫”)，一直到现在。如果叫“天后宫”，反而陌生。

原来当年清兵入关，郑成功在福建沿海起兵抗清，声威很大。以后又收复台湾作为抗清根据地，始终奉明朝正朔，是全国唯一续延明祚最久的政权地区。一代英雄，泉州人对他是尊崇，素称“国姓爷”。后来虽然全国统一了，但清初统治者对泉州地区，特别是沿海的“迁界”政策，为祸惨烈。泉州人民始终记得，执行民族压迫的清朝统治者是异族，含有贬意地叫他们“满清”。甚至康熙帝赐予妈祖的封号“天后”也置之一旁，仍把明朝皇帝的封号“天妃”来称呼，虽然品位低于“天后”也宁愿叫“天妃宫”。

直到民国时代，正殿的重檐中间还赫然挂着“天妃宫”的圣旨牌，宫外附近的池仔墘、竂仔街一带都可以看见得清清楚楚。